Studi Molekuler Docking Potensi Senyawa Tumbuhan Kalangkala (Litsea angulata) Sebagai Antihiperpigmentasi

Nur Aini Fadilah; Ryan  Syahputra

Authors

Nur Aini Fadilah STIKes Bina Cipta Husada Purwokerto
Ryan Syahputra STIKes Bina Cipta Husada Purwokerto

Keywords:

Tirosinase, Litsea angulata, protein (pdb : 2Y9X), Docking molekuler, Hiperpigmentasi

Abstract

Kalangkala merupakan tumbuhan khas Kalimantan yang termasuk dalam genus litsea pada bagian biji tanaman kalangkala (Litsea angulata) memiliki aktivitas antioksidan senyawa yang berperan sebagai antioksidan pada biji Kalangkala (Litsea angulata) adalah kuersetin. Kuersetin memiliki aktivitas antioksidan melalui penghambatan jalur stres oksidatif yang berhubungan erat dengan pembentukan tirosinase yang menyebabkan hiperpigmentasi pada kulit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui potensi Kalangkala (Litsea angulata) sebagai agen inhibitor tirosinase baru dari bahan alam secara pendekatan molekuler docking. Pada tahap penelitian ini persiapan yang dilakukan meliputi persiapan reseptor dan native ligand, validasi metode docking, preparasi senyawa kuersetin, dan molekuler docking senyawa kuersetin terhadap protein uji enzim tirosinase. Hasil yang diperoleh dari docking molekuler antara Kuersetin biji Kalangkala (Litsea angulata) dan protein protein tirosinase memiliki nilai afinitas binding (ΔG) dan konstanta inhibisi (IC) sebesar -5.20 kcal/mol dan 154.02 µM. Interaksi ikatan hidrogen yang terbentuk pada senyawa kuersetin menunjukkan bahwa senyawa tersebut afinitas yang nilainya lebih rendah dibandingkan native ligand sehingga berpotensi sebagai agen inhibitor tirosinase baru.

Author Biography

Ryan Syahputra, STIKes Bina Cipta Husada Purwokerto

Departemen Farmasi Klinik dan Komunitas, Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Bina Cipta Husada Purwokerto, Jawa Tengah

References

Chatatikun, Moragot, Aman Tedasen, Nawanwat Chainuwong Pattaranggoon, Wilawan Palachum, Sirithip Chuaijit, Amron Mudpan, Supawita Pruksaphanrat.2023. “Antioxidant Activity, Anti-Tyrosinase Activity, Molecular Docking Studies, and Molecular Dynamic Simulation of Active Compounds Found in Nipa Palm Vinegar.” PeerJ 11: 1–27. doi:10.7717/peerj.16494.

Crane-Robinson, Colyn, and Peter Privalov. 2022. “Energetic Basis of Hydrogen Bond Formation in Aqueous Solution.” European Biophysics Journal 51(6): 515–17. doi:10.1007/s00249-022-01611-2.

Gajjala, S. et al. (2016) ‘The comparative study of Hydroquinone and kojic acid in treatment of Melasma in Shadan Institute of Medical Science Teaching Hospital and Research Centre, Himayathsagar road, Hyderabad (Telangana State)’, IOSR Journal of Dental and Medical Sciences (IOSR-JDMS) e-ISSN, 15(11), pp. 1–05. doi: 10.9790/0853- 1511050105.

Heng Tan, Lai, Chee Keong Kwoh,Yuguang Mu. 2024. “RmsdXNA: RMSD Prediction of Nucleic Acid-Ligand Docking Poses Using Machine-Learning Method.” Briefings in Bioinformatics 25(3). doi:10.1093/bib/bbae166.

Ismaya, Wangsa T, J Rozeboom, Amrah Weijn, Jurriaan J Mes, and Fabrizia Fusetti. 2011. “Crystal Structure of Agaricus Bisporus Tyrosinase.” Biochemistry 50: 5477–86.

Li, Hongdian, Ao Dong, Na Li, Yu Ma, Sai Zhang, Yuanyuan Deng, Shu Chen, Mianzhi Zhang. 2023. “Mechanistic Study of Schisandra Chinensis Fruit Mixture Based on Network Pharmacology, Molecular Docking and Experimental Validation to Improve the Inflammatory Response of DKD Through AGEs/RAGE Signaling Pathway.” Drug Design, Development and Therapy 17(February): 613–32. doi:10.2147/DDDT.S395512.

Mustika, R., Hindun, S., & Auliasari, N. (2020). Potensi Tanaman Sebagai Pencerah Wajah Alami. Jurnal Sains dan Kesehatan, 2(4), 558-562.

Ran, Yandong, Mohammed Moursy, Robert C. Hider, dan Agostino Cilibrizzi. 2023. “The Colorimetric Detection of the Hydroxyl Radical.” International Journal of Molecular Sciences 24(4): 1–9. doi:10.3390/ijms24044162.

Saputri, R., & Susiani, E. F. (2018). Uji Aktivitas Antioksidan Ekstrak Etanol Buah dan Biji Buah Kalangkala (Litsea angulata) asal Kalimantan Selatan. Borneo Journal of Pharmacy, 1(2), 81-84.

Utami, Dwi, Syahputra Ryan, Widyaningsih Wahyu. 2022. “ Studi Docking Molekular Aktivitas Panghambatan Enzim Tirosinase Ubi Jalar (Ipomoea Batatas L. Lam).” Pharmacon: Jurnal Farmasi Indonesia 19(1): 21–34. doi:10.23917/pharmacon.v19i1.18295.

Widyastuti, M. D., Noviyanti, N. K. M., Sanjaya, I. K. N. S., & Susanti, N. M. P. (2020). Aktivitas Antihiperpigmentasi Likopen Secara in Silico. Jurnal Kimia, 14(2), 107.

Xia, Wanqiu, Jing Liu, and Jianping Wang. 2022. “Identification and Evolution of a Natural Tetr Protein Based on Molecular Docking and Development of a Fluorescence Polari-Zation Assay for Multi-Detection of 10 Tetracyclines in Milk.” Foods 11(23). doi:10.3390/foods11233850.

Yang, Chao, Eric Anthony Chen, and Yingkai Zhang. 2022. “Protein–Ligand Docking in the Machine-Learning Era.” Molecules 27(14): 1–24. doi :10.3390/molecules27144568.